O Departamento de Biotecnologia é oriundo do Programa Proálcool, na época suas pesquisas concentraram-se na produção de etanol a partir de matérias-primas não convencionais, tais como mandioca, sorgo sacarino, madeira e resíduos lignocelulósicos. O DEBIQ trabalha no desenvolvimento de processos industriais e biotecnológicos que envolvem matérias-primas e catalisadores de origem biológica. Coordena e ministra disciplinas específicas do curso de graduação em Engenharia Bioquímica. Os docentes DEBIQ também ministram disciplinas e orientam teses e dissertações no Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Industrial (mestrado e doutorado).

O Departamento de Ciências Básicas e Ambientais é um departamento de característica interdisciplinar, com professores de diferentes especialidades e pesquisa nas mais diversas áreas do saber, articulando-se por meio das ciências exatas, humanas e biológicas, a fim de resolver problemas complexos nas diferentes áreas do conhecimento. Por abrigar o Curso de Graduação em Engenharia Ambiental, possui também docentes atuantes em ensino, pesquisa e extensão em Ciências Ambientais, que se unem às Ciências Básicas para impactar positivamente na busca do Desenvolvimento Sustentável do planeta.

O Departamento de Engenharia de Materiais iniciou suas atividades em 1978 reunindo profissionais especializados que atuavam no Projeto Nióbio. Suas pesquisas são voltadas para a área de ciência e engenharia de materiais. O DEMAR coordena e ministra as disciplinas específicas dos cursos de graduação em Engenharia Física e Engenharia de Materiais. Os docentes do departamento também ministram disciplinas e orientam teses e dissertações no Programa de Pós Graduação em Engenharia de Materiais (mestrado e doutorado) e no Programa de Pós Graduação em Projetos Educacionais de Ciências (mestrado profissional).

O Departamento de Engenharia de Química nasceu da extinta FAENQUIL e reúne professores das áreas de química, engenharia química e engenharia de produção. Este departamento coordena os cursos de graduação em Engenharia Química e Engenharia de Produção da EEL. Os docentes do departamento também ministram disciplinas e orientam teses e dissertações no Programa de Pós Graduação em Engenharia Química (mestrado e doutorado).